Podľa § 46 ods. 1 zák. č. 563/2009 o správe daní (Daňový poriadok), „Daňová kontrola začína dňom určeným v oznámení správcu dane o daňovej kontrole. Oznámenie o daňovej kontrole musí obsahovať deň začatia daňovej kontroly, miesto výkonu daňovej kontroly, druh kontrolovanej dane a kontrolované zdaňovacie obdobie alebo kontrolované účtovné obdobie. Správca dane v oznámení určí aj lehotu na predloženie všetkých dokladov potrebných na vykonanie daňovej kontroly s poučením o následkoch ich nepredloženia. Ak z dôvodu na strane daňového subjektu nemožno daňovú kontrolu začať v deň uvedený v oznámení o daňovej kontrole, je povinný túto skutočnosť oznámiť správcovi dane do ôsmich dní od doručenia oznámenia a dohodnúť s ním nový termín začatia, daňová kontrola však nesmie začať neskôr ako 40 dní od doručenia oznámenia o daňovej kontrole.“
Daňová kontrola na zistenie oprávnenosti nároku na vrátenie nadmerného odpočtu môže začať aj v deň spísania zápisnice o začatí daňovej kontroly alebo v deň uvedený v oznámení o daňovej kontrole (§ 46 ods. 2 Daňového poriadku). Bez oznámenia o začatí daňovej kontroly môže začať daňová kontrola ja ak to ustanovuje osobitný predpis, alebo ak o vykonanie daňovej kontroly požiadajú orgány činné v trestnom konaní alebo ak je dôvodné podozrenie, že účtovné alebo iné doklady budú pozmenené, znehodnotené alebo zničené (§ 46 ods. 3 Daňového poriadku). O vykonaní kontroly spíše správca dane daňový protokol (§ 46 ods. 8 Daňového poriadku).
Podľa § 46 ods. 9 Daňového poriadku, „Daňová kontrola je ukončená dňom
a) doručenia protokolu podľa odseku 8,
b) doručenia oznámenia o určovaní dane podľa pomôcok podľa § 48 ods. 2, alebo
c) zániku nároku na vrátenie nadmerného odpočtu podľa osobitného prepisu.“
Podľa § 46 ods. 10 Daňového poriadku, „Lehota na vykonanie daňovej kontroly je najviac jeden rok odo dňa jej začatia. Na prerušenie daňovej kontroly sa primerane použije § 61. Ak ide o daňovú kontrolu závislých osôb, ktoré určujú základ dane podľa osobitného predpisu, (§ 17 ods. 5 zákona č. 595/2003 Z.z. v znení zákona č. 534/2005 Z.z.) druhostupňový orgán môže lehotu podľa prvej vety pred jej uplynutím na základe písomného odôvodnenia predĺžiť najviac o 12 mesiacov.“
Daňová kontrola podľa v súčasnosti účinného ustanovenia môže trvať maximálne jeden rok, pokiaľ nedôjde k jej zákonnému predĺženiu podľa podmienok uvedených v ustanovení § 46 ods. 10 Daňového poriadku.
V prípade, ak daňová kontrola prekročí túto zákonom určenú dobu, následkom je nepoužiteľnosť daňového protokolu, ako aj dôkazov získaných počas tejto daňovej kontroly pre ďalšie konanie.
Podľa rozsudku Najvyššieho súdu SR sp. zn. 3 Sžf 9/2007 zo dňa 19.4.2007, „Lehoty uvedené v § 30a ods. 7 zák. č. 511/1992 Zb. sú zákonné procesné lehoty, ktoré zákon stanovil na vykonanie daňovej kontroly. Keďže sú stanovené priamo zákonom, nie je možné, aby ich správca dane nerešpektoval, resp., aby mu boli prolongované jeho nadriadeným orgánom nad zákonom stanovenú hranicu.“
Ústavný súd SR v rozhodnutí III. ÚS 24/2010 zo dňa 29.6.2010 (ZbUS 30/2010) uviedol: „Ak dĺžka daňovej kontroly napriek skutočnosti, že kontrolovaný daňový subjekt neodopieral povinnú súčinnosť orgánu daňovej správy, prekročila zákonom ustanovenú maximálnu dobu trvania, protokol z takejto daňovej kontroly predstavuje nezákonne získaný dôkazný prostriedok, ktorý v daňovom konaní nemôže byť použitý.“
Ústavný súd SR rozhodoval podľa Daňového poriadku účinného v tom čase. Išlo o § 30a ods. 7 zákona o správe daní a poplatkov účinného v čase vykonávania daňovej kontroly u sťažovateľa (v súčasnosti podľa § 15 ods. 17), podľa ktorého správca dane ukončí daňovú kontrolu (§ 15) do šiestich mesiacov odo dňa jej začatia. Orgán najbližšie nadriadený správcovi dane mohol lehotu uvedenú v prvej vete v zložitých prípadoch pred jej uplynutím primerane predĺžiť, najviac však o šesť mesiacov.
Podľa rozsudku Najvyššieho súdu SR sp. zn. 8 Sžf 55/2011 zo dňa 25.9.2012, „Vychádzajúc z vyššie citovaných ustanovení zákona o správe daní, lehota ustanovená v § 15 ods. 17 Zákona o správe daní je lehotou zákonnou a je pre správcu dane vykonávajúceho daňovú kontrolu záväzným limitom determinujúcim zákonnosť uskutočňovanej daňovej kontroly. Daňová kontrola ako proces smerujúci k obstaraniu dôkazného prostriedku (protokolu) predstavuje závažný a intenzívny zásah do individuálnej, právom chránenej sféry daňového subjektu zo strany správcu dane, čo vyplýva z charakteru povinností kontrolovaného daňového subjektu počas daňovej kontroly (§ 15 ods. 6 Zákona o správe daní). Cieľ daňovej kontroly tak nie je možné dosiahnuť na úkor práv a právom chránených záujmov daňového subjektu. Aj v daňovom konaní sa uplatňuje požiadavka primeranosti (proporcionality) zásahov správcu dane smerujúcich voči daňovému subjektu (§ 2 ods. 2 Zákona o správe daní). Túto požiadavku formuloval zákonodarca celkom exaktne určením limitov konkrétneho typu zásahu. Pri daňovej kontrole bol v čase jej vykonávania u žalobcu uvedený limit ustanovený v § 15 ods. 17 Zákona o správe daní, z ktorého vyplýva bez akýchkoľvek pochybností, že daňovú kontrolu nemožno vykonávať dlhšie, než to ustanovuje zákon.
Tento právny názor je konformný s právnym názorom Ústavného súdu Slovenskej republiky vysloveným v náleze sp. zn. III. ÚS 24/2010 z 29. júna 2010. Z tohto nálezu ďalej vyplýva, že 'zákaz prekročiť zákonom stanovený časový rámec pre výkon daňovej kontroly platí bezvýnimočne len za podmienky, že kontrolovaný daňový subjekt poskytuje správcovi dane vykonávajúcemu daňovú kontrolu potrebnú súčinnosť'.“
K tomu súd ešte dodal: „Ak teda správca dane nerešpektoval maximálnu dĺžku trvania daňovej kontroly, porušil tým nielen ustanovenie § 15 ods. 17 Zákona o správe daní, ale aj zásadu primeranosti a zákonnosti v daňovom konaní. Daňová kontrola v danom prípade tak nebola vykonaná v súlade so zákonom a protokol z nej tak nadobudol povahu nezákonne získaného dôkazného prostriedku, ktorý v daňovom konaní nemožno použiť (a contrario § 29 ods. 4 veta prvá Zákona o správe daní). V danom prípade však ak použitý bol, čo znamená, že celé daňové konanie zaťažené vadou nezákonnosti a rozhodnutie, ktoré je jeho zavŕšením, vychádza tak zo skutočností zistených počas nezákonnej daňovej kontroly a zachytených v protokole o takejto skutočnosti, je rovnako nezákonné (k tomu pozri bližšie nález Ústavného súdu Slovenskej republiky sp. zn. III. ÚS 24/2010 z 29. júna 2010).“
V čase rozhodovania súdu bol účinný zák. č. 511/1992 Zb. o správe daní, kde podľa § 15 ods. 13 veta prvá „daňová kontrola je ukončená dňom prerokovania protokolu s kontrolovaným daňovým subjektom alebo jeho zástupcom.“
Podľa § 15 ods. 17 v tom čase účinného zákona o správe daní, „správca dane ukončí daňovú kontrolu do šiestich mesiacov odo dňa jej začatia. Orgán najbližšie nadriadený správcovi dane môže lehotu uvedenú v prvej vete v zložitých prípadoch pred jej uplynutím primerane predĺžiť, najviac však o šesť mesiacov, a ak ide o daňovú kontrolu zahraničných závislých osôb, ktoré vyčísľujú rozdiel základu dane podľa osobitného zákona, najviac o 12 mesiacov. Ak vykonáva daňovú kontrolu orgán podľa odseku 15, príslušným orgánom na predĺženie lehoty je ministerstvo.“
Rozdiel oproti súčasnosti je v tom, že daňová kontrola je ukončená doručením daňového protokolu, nie až dňom jeho prerokovania s daňovým subjektom. Inak sú závery rozhodnutí plne použiteľné aj na súčasnú právnu úpravu.
Podľa rozsudku Najvyššieho súdu SR sp. zn. 8 Sžfk 16/2016 z 31. januára 2019, „Vo vyrubovacom konaní nie je možné využiť jednotlivé dôkazy získané v priebehu zákonnej lehoty na vykonanie daňovej kontroly, pretože iba zákonne získaný protokol ako daňový inštitút s právnymi účinkami na začatie vyrubovacieho konania v prípade zistenia daňovej povinnosti je možno ďalej použiť na odôvodnenie vyrubenej daňovej povinnosti.“
Najvyšší súd SR poukázal na argumentáciu sťažovateľa, že „správca dane protokol zo 16. decembra 2008 anuloval na základe požiadavky žalobcu vykonať ďalšie dokazovanie a preto daňová kontrola bola ukončená 26. marca 2009. Ďalej namietal, že žalobca pri vyrubení dane vzhľadom na nezákonnosť protokolu o kontrole použil na vyrubenie dane ostatné dôkazy, ktoré získal v zákonnej ročnej lehote, poukazujúc na rozsudok najvyššieho súdu sp. zn. 3 Sžf 76/2013 zo 6. novembra 2013.“
Najvyšší súd k tomu uviedol, že „Predovšetkým z cit. textu ústavného nálezu pre Najvyšší súd SR vyplýva, že Ústavný súd SR dospel k judikatúrnemu záveru o nezákonnosti protokolu ako dôkazného prostriedku na základe právneho vyhodnotenia dopadov skutočnej dĺžky lehoty vykonanej daňovej kontroly (právna kvalifikácia lehoty ako "zákonnej"), hoci jeho záver viac podľa mienky Najvyššieho súdu SR smeruje k neprípustnosti, t .j. k vyňatiu protokolu ako neprípustného daňového dôkazného prostriedku, ktorý bol získaný v rozpore so všeobecne záväznými právnymi predpismi.
Tento záver ústavného nálezu žalovaný v napadnutom rozhodnutí spochybňuje strohou argumentáciou, že k opätovnému rozhodnutiu dospel nie na základe uvedeného protokolu ale iba s využitím dôkazných prostriedkov, ktoré boli získané v procesu daňovej kontroly pred uplynutím zákonnej lehoty.“
Na záver Najvyšší súd SR formuloval jednoznačný záver: „Z cit. ustanovení je zrejmé, že nemožno využiť jednotlivé dôkazy získané v priebehu zákonnej lehoty na vykonanie daňovej kontroly, pretože iba zákonne získaný protokol ako daňový inštitút s právnymi účinkami na začatie vyrubovacieho konania v prípade zistenia daňovej povinnosti je možno ďalej použiť na odôvodnenie vyrubenej daňovej povinnosti. Preto si nemohol osvojiť sťažnostné body sťažovateľa ako dôvodné.“
Z rozhodnutia vyplýva, že nielen daňový protokol, ale ani dôkazy získané pred jeho vyhotovením, doručením a prerokovaním, nemožno použiť v ďalšom daňovom konaní, vrátane vyrubovacieho konania. Daňový orgán teda nemôže „obísť“ lehotu na trvanie daňovej kontroly tým, že na ďalšie konanie nepoužije daňový protokol, ale len dôkazy získané prípadne ešte v zákonnej lehote. Vzhľadom na to, že tieto dôkazy slúžia na vyhotovenie daňového protokolu a nie naopak, tieto dôkazy sú rovnako ako daňový protokol pre ďalšie konanie nepoužiteľné. Vzhľadom na funkciu daňového protokolu v daňovej kontrole aj ako dôkazného prostriedku, dôkazy získané pred jeho vyhotovením nemôžu byť použité samostatne, ale len ako jeho súčasť.
Podľa rozsudku Najvyššieho súdu SR sp. zn. 3Sžfk/40/2019 zo dňa 10. decembra 2019, „Lehota na vykonanie daňovej kontroly má objektívny charakter. V prípade nedodržania zákonnej lehoty na vykonanie daňovej kontroly dochádza k tzv. procesnej preklúzii. Vyplýva to zo slovného spojenia 'najviac jeden rok'. Ide o obdobie, počas ktorého môže správca dane realizovať svoju právomoc voči daňovému subjektu.“
Najvyšší súd k tomu ešte v tomto rozhodnutí uvádza: „Kasačný súd konštatuje, že lehota na vykonanie daňovej kontroly má objektívny charakter. V prípade nedodržania zákonnej lehoty na vykonanie daňovej kontroly dochádza k tzv. procesnej preklúzii. Vyplýva to z použitého pojmu 'najviac jeden rok'. Ide o obdobie, počas ktorého môže správca dane realizovať svoju právomoc voči daňovému subjektu. Je potrebné zdôrazniť, že v zmysle čl. 2 ods. 2 Ústavy SR môžu štátne orgány konať iba v rozsahu a spôsobom ustanoveným zákonom. Právna povaha lehoty na vykonanie daňovej kontroly, ako kogentnej zákonnej lehoty, bola judikovaná už v predchádzajúcom daňovom procesnom predpise rozsudkom najvyššieho súdu sp. zn. 3 Sžf/9/2007 zo dňa 18.04.2007 publikovaného v systéme ASPI JUD 34461 SK s právnou vetou 'Lehoty uvedené v § 30a ods. 7 zák. č. 511/1992 Zb. sú zákonné procesné lehoty, ktoré zákon stanovil na vykonanie daňovej kontroly. Keďže sú stanovené priamo zákonom, nie je možné, aby ich správca dane nerešpektoval, resp., aby mu boli prolongované jeho nadriadeným orgánom nad zákonom stanovenú hranicu'. Ide už o dlhodobo uplatňovaný princíp. V prípade, že by ho zákonodarca považoval za prekonaný, tak by ho novelizáciou zmenil."